عملكرد دكتر محمد مهدی زاهدی، وزیر جدید علوم، تحقیقات و فناوری، كه بالاترین سمت قبل از وزارت وی، معاون پژوهشی دانشگاه شهید باهنر کرمان بوده است، موجبات انتقاد بسیاری از اعضای هیات علمی دانشگاه‌ها را فراهم كرده است.
یك عضو هیات علمی دانشگاه صنعتی شریف در گفت‌و‌گو با خبرنگار «شریف نیوز» در این زمینه گفت: وزیر علوم حداقل‌های لازم را نه تنها در سطح وزارت، بلكه حتی در حد ریاست یك دانشگاه را هم ندارد.
وی افزود: آقای زاهدی فاقد درك مدیریتی لازم است و مساله دیگری كه این نقصان را دوچندان می‌كند عدم توجه به مشورت‌های دانشگاهیان و خیرخواهان است. ایشان اخیرا در رابطه با برخی تغییرات ناصحیح صورت گرفته در سطح این وزارتخانه در پاسخ به انتقاد یكی از مشاوران، به وی گفته است كه من دانشیار هستم و تو استادیاری و نمی‌توانی به من بگویی كه چه كنم و چه نكنم!
این عضو هیات علمی در ادامه اشاره داشت: در چند ماه اخیر، بسیاری از جلسه‌هایی كه اساتید برجسته دانشگاه‌ها از دانشگاه‌های مختلف با وزیر داشته‌اند با دلخوری اساتید به پایان رسیده است.
وی همچنین از انتصاب یك روحانی به ریاست دانشگاه پرتنش علامه طباطبایی انتقاد كرد و گفت: در دانشگاهی كه هر هفته شاهد اعتراض‌ها و اعتصاب‌های صنفی و سیاسی متعدد است و اصولا فضای آرامی ندارد و در بسیاری از تجمع‌ها حضور ریاست دانشگاه به خواست دانشجویان ضروری می‌نماید، انتخاب یك روحانی به ریاست دانشگاه كج‌سلیقگی محض است. جدای از این كه توانایی مدیریتی و علمی روحانی مزبور چگونه باشد كه در آن نیز حرف و حدیث فراوان است.
همچنین در این رابطه، یك آگاه سیاسی به خبرنگار «شریف نیوز» گفت: وابستگی آقای زاهدی به محمدرضا باهنر، نایب رییس مجلس و از مسئولان شورای هماهنگی نیروهای انقلاب همانطور كه باعث تحمیل زاهدی به رييس جمهور به عنوان وزیر علوم شد، سبب گردیده تا در شهرستان‌ها یكی از ملاك‌های عمده برای تعیین روسای دانشگاه‌ها، داشتن مسئولیت در شورای هماهنگی استان و شهرستان باشد. در صورتی كه اصولگرایان امید بسیار داشتند تا در دوره جدید، معیار اساسی انتخاب مسئولین وزارت علوم، شایسته‌سالاری باشد كه متاسفانه در بعضی موارد، انتخاب‌های صورت گرفته با این ملاك فرسنگ‌ها فاصله دارد.
یكی از اعضای برجسته شورای عالی انقلاب فرهنگی نیز در گفت‌و‌گو با «شریف نیوز» ، محمد مهدی زاهدی را انتخاب مناسبی از جانب اصولگرایان برای پست وزارت علوم ندانست و گفت: در آینده، این وزارتخانه با چالش‌های فراوان علمی، فرهنگی  و سیاسی مواجه خواهد شد.
لازم به ذكر است، در جدیدترین اقدام، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، نشانی پست الكترونیكی خود را برای دریافت شكایت‌های مردمی اعلام كرده است. به گزارش خبرگزاری فارس، محمد مهدی زاهدی روز سه‌شنبه در حاشیه مجلس در جمع خبرنگاران گفت: مردم می‌توانند شكایت‌های خود را از عملكرد زیر مجموعه این وزارتخانه به نشانی zahedi-mm@yahoo.com اعلام كنند.
وی در پاسخ به سؤالی مبنی بر اینكه اگر كسی از احراز نشدن قوانین و آئین‌نامه‌ها در دانشگاه‌ها و سایر بخش‌های زیر مجموعه وزارت علوم شكایت داشته باشد به كجا مراجعه نماید، نشانی فوق را ارایه كرد.
محمد مهدی زاهدی تاكید كرد: روزانه دوبار نشانی الكترونیكی خود را بازبینی می‌كنم و امیدوارم بتوانم با این شیوه به موقع از شكایت مردم مطلع شوم. 
اعلام نشانی الكترونیكی به روی میل سرور (mail server) یاهو (yahoo)، جدای از نامتناسب بودن شان وزیر با اعلام پست الكترونیكی  بر روی yahoo mail و غیررسمی بودن آن، به خاطرعدم توجه به ملاحظات امنیتی كه yahoo mail مطمئنا واجد آن نیست، برای كار روزانه در این سطح اسف‌بار است.
یك استاد علوم ارتباطات نیز ضمن انتقاد از این اقدام نسنجیده، خاطرنشان كرد، در دنیایی كه روابط عمومی یك علم به حساب می‏آید، علمی كه یكی از مهم‌ترین وظائف آن ایجاد ارتباط صحیح، سالم و مستمر بین سازمان و مراجعان و پاسخگویی مناسب است، این قبیل اقدامات نسنجیده و سطحی‌گرایانه جز خدشه به چهره دولت و ایجاد نارضایتی نتیجه دیگری ندارد.
وی در ادامه افزود: این اقدام علاوه بر اینكه نشان دهنده عدم توجه وزیر به مشاوره در حوزه‌های تخصصی است، دو مساله را می‌رساند یا اینكه ایشان به مجموعه حوزه دفتر خود و روابط عمومی وزارتخانه تحت امر خود اطمینان ندارد، یا اینكه از حجم، میزان و انواع شكایات و مراجعات به وزارتخانه بی‌اطلاع است كه گمان می‌برند با اعلام یك آدرس ایمیل، اتفاق شگرفی در این زمینه رخ خواهد داد. 
این استاد دانشگاه ضمن تاكید بر توجه به ارتباط مستقیم مسئولان با مردم به طور مستمر اما با برنامه‌ریزی و متناسب با اشتغالات مسئول، اشاره داشت: اصولا زمانی كه برای پی‌گیری ایمیل‌های چنین آدرس اعلام شده‌ای لازم است، از عهده یك نفر خارج است و نیاز به یك دفتر مفصل دارد كه این خود موازی‌كاری با وظائف روابط عمومی وزارتخانه است. بهتر است وزیر با سازوكارهایی مناسب، سیستم نظارتی خود را بر روابط عمومی وزارتخانه سامان بخشد، تا رسیدگی به اموری از این دست، بهتر و سریعتر جریان یابد.
وی تذكر داد: حتی اگر جناب آقای زاهدی بر انجام این كار توسط شخص خود با اعلام یك نشانی پست الكترونیك اصرار دارند، بهتر است ایمیلی تحت دامنه (domain) آدرس پایگاه اینترنتی این وزارتخانه و بر روی میل سرور(mail server) وزارت علوم معرفی كنند.